El Museo de Historia Natural de Hamburgo fue fundado en mayo de 1843 a partir de la fusión de las colecciones de Historia Natural del Colegio Johanneum (Gelehrtenschule Johanneum), que había sido fundado en 1529 y que disponía de un gabinete de curiosidades iniciado en 1649, y de la Sociedad de Historia Natural de Hamburgo (Naturwissenschaftlichen Vereins Hamburg), fundada en 1837 y que inició su museo dos años después.
